Aos 41 anos, Fernando Aguiar decidiu reatar a carreira de futebolista para abraçar o projeto do Pedrouços, quarto classificado da Divisão de Honra da AF Porto.
O médio, apelidado de 'Robocop' devido à compleição fisica, viveu um dos pontos mas altos da carreira com a conquista da Taça de Portugal em 2004 com a camisola do Benfica frente ao FC Porto de José Mourinho.
Além das águias, Fernando Aguiar defendeu as cores de vários clubes nacionais, com especial relevância para Nacional, Maritimo, Beira Mar e União Leiria.
Em 2009 decidiu pendurar as chuteiras, após 4 temporadas em Gondomar.