Terminada a primeira fase e conhecidos os emblemas que disputarão os lugares de subida à Segunda Liga, a Federação Portuguesa de Futebol agendou o sorteio da 2ª fase (Grupos de Promoção e de Manutenção) para dia 3 de Fevereiro de 2014 (segunda-feira) pelas 12 horas.
O evento decorrerá no Auditório Manuel Quaresma, na sede do Organismo que gere o futebol português.
Os 16 apurados para a fase de subida serão divididos em dois grupos de oito equipas, conforme a situação geográfica. Os clubes iniciarão esta nova fase com zero pontos e serão automaticamente apurados para a Segunda Liga os vencedores de cada grupo. Os segundos classificados disputarão um play-off para determinar o terceiro clube a assegurar a subida.
Clubes apurados: Limianos, Bragança, Guimarães B, Vizela, Boavista, Freamunde, S. João Ver, Cesarense, Benf. C. Branco, Sertanense, Mafra, U. Leiria, Loures, Oriental, Pinhalnovense e Ferreiras.
Os restantes clubes lutarão pela permanência na competição em oito novas series (que terão a mesma composição) de oito equipas. Ao contrário da fase de subida, os clubes que disputam a manutenção iniciam a segunda fase com metade dos pontos amealhados na primeira, arredondados por excesso.
Descem aos Distritais os dois últimos classificados, enquanto os sextos de cada série serão sujeitos a um play-off, disputado a duas mãos, para determinar as restantes 4 equipas despromovidas.